Sabancı Üniversitesi ve TÜBİTAK MAM GMBE’den pandemi ile mücadelede önemli iş birliği
COVID-19 HASTALARINI DAHA YÜKSEK DOĞRULUKLA TEŞHİS ETMEK İÇİN YENİ KİTLER GELİŞTİRİLECEK
Sabancı Üniversitesi ve TÜBİTAK MAM GMBE gerçek zamanlı PCR ile teşhisi mümkün olmayan, aşırı düşük viral yük sebebiyle hatalı negatif sonuç alınan hastaları doğru teşhis etmek için iş birliği gerçekleştirdi. İş birliği doğrultusunda kullanılan ddPCR yönteminin şüpheli vakaları yüksek doğrulukla teşhisi ederek pandeminin kontrolüne katkı sağlaması öngörülüyor.
Covid-19 gerçek zamanlı PCR kitleri güçlü teşhis araçları olsa da, birçok hasta yapılan testlerde düşük virüs yükü yüzünden hatalı negatif olarak tanı alabiliyor. Bu durum pandeminin daha hızlı bir şekilde yayılmasına neden oluyor. Bu noktada Sabancı Üniversitesi ve TÜBİTAK MAM GMBE’den araştırmacılar analizlerinde, hatalı negatif tanıların örnek hazırlama kalitesi nedeniyle değil, gerçek zamanlı PCR duyarlılığının sınırından kaynaklandığı görüşünde birleşti. Bu değerlendirme doğrultusunda iki kurum uzmanları gerçek zamanlı PCR ile teşhisi mümkün olmayan, aşırı düşük viral yük sebebiyle hatalı negatif sonuç alınan hastaları doğru teşhis etmek için iş birliği yaptı. Çalışmalarda oldukça hassas bir yöntem olan dijital damlacık PCR (ddPCR) kullanıldı.
Sabancı Üniversitesi’nden Dr. Cavit Agca ve TÜBİTAK MAM GMBE’den Prof. Dr. Saban Tekin (Direktör), Doç. Dr. Abdulllah Karadağ (Direktör Yardımcısı) ve Hivda Polat’tan oluşan araştırma ekibi, ddPCR yönteminin şüpheli vakaları yüksek doğrulukla teşhis edebileceği ve pandeminin kontrolüne hatalı negatif hastaların sayısını azaltarak katkı sağlayabileceğini öngörüyor. Kitlerin Eylül ayı ortasından itibaren kullanıma sunulması hedefleniyor.
ddPCR, hedef DNA’yı tek bir kopyaya kadar tespit edebilen ve araştırmacıların herhangi bir örnek içindeki mutlak sayıda hedef DNA’yı ölçmelerine yardımcı olan bir teknoloji. Ayrıca, çok az materyalden elde edilen örnekler veya tek hücre için yapılan gen ekspresyon analizleri yüksek verimlilikle yapılabiliyor. Bu nedenle, Sabancı ve MAM araştırmacıları, hatalı negatif hastaları tespit etmek için Covid-19 gerçek zamanlı PCR kitleri için hazırlanmış numuneleri yeniden kullandılar.
ddPCR duyarlılığı yardımıyla, daha önce negatif olarak teşhis edilen hastanın, aslında viral yükü düşük bir pozitif Covid-19 hastası olduğunu teşhis ettiler. Araştırmacılar ddPCR yönteminin şüpheli vakaları yüksek doğrulukla teşhis edebileceğine ve pandemi kontrol çabalarına hatalı negatif hastaların sayısını azaltarak katkı sağlayabileceklerine inanıyorlar.
